El ambiente también influía, ya que si añadimos tiza que es carbonato calcico se sube el pH y crecían bacterias que producen el acido láctico y si bajamos el pH aparecen las levaduras que producen la fermentación alcohólica. La especificidad de la fermentación debía tener un estudio sistemático de muchas fermentaciones. El estudio de la fermentación butílica puso de manifiesto la presencia de la vida anaerobia (sin oxigeno). La fermentación es la acción específica. No es precisa la presencia de los microorganismos para la fermentación, simplemente con una parte de los microorganismos es preciso. En la naturaleza la reacción la realizan los organismos. La especificidad se demostró gracias a los cultivos puros en los que se inoculan con una muestra de suelo. Aparecen microorganismos que alteran el medio, con ello aparecen otros microorganismos al cambio de ambiente. Esto dio pie al pleomorfismos, un individuo puede presentar varias formas. Pasteur defiende el monomorfismo, además de la especificidad.

Coock estudio el carbunco en ratones, que trasmitía la enfermedad a ratones con la extracción e inoculación de sangre. Con ello vio que los animales que morían tenían en la sangre unos bastoncillos que eran los que producían el carbunco. Hizo un estudio sistemático de las enfermedades, desarrollo un método de individualización de bacterias para destacarlas.

Brezol individualizo esporas. Mediante diluciones se puede individualizar hasta llegar a un solo microorganismo en la dilución. Coock observo que la aparición de colonias en las patatas. Las colonias eran diferentes, pero dentro de una misma colonia todas las células eran iguales y diferentes entre las colonias. Para separarlas se coge una patata y se pasa a otra. Con ello se consigue aislar los diferentes tipos. La demostración de que todas las células de una colonia sean igual es poner una extensión de una colonia y verlo al microscopio. En el caso de que sean mixtas obtendrá dos tipos. Con esto demostraron que si son iguales al pasarlo o aislarlo da el mismo organismo. La implicación biológica es que se quedo claro el concepto de microorganismo. Se destruyo la teoría del polimorfismo. No solo probaron con el carbunco, sino también con la tuberculosis. Estableció los siguientes postulados:

1)      El microorganismo sospechoso debe de estar presente en todos los casos de enfermedades y ausente en los animales sanos.

2)      El microorganismo sospechoso debía ser aislado a cultivo puro. Aparecen colonias aisladas que pueden crear nuevas colonias

3)      Células de un cultivo puro se inocula en un animal debe causar la muerte del animal sano.

4)      El organismo debe de ser reaislado del animal demostrando que es igual al original.

Ya no se utilizaba la patata, Coock  las sustituyo por otro, ya que esta presentaba desventajas como son la humedad, es opaca y algunos no crecen bien. Utilizaba gelatina  la que añade al medio de cultivo, pero tubo el problema de la temperatura, ya que es liquida a 28ºC. Además al ser una proteína es degradada por las bacterias. Se utilizo un polisacárido que es un agente solidificarte que se utilizaba en oriente medio, este agar tiene la propiedad de que se funde a 100ºC u permanece líquido hasta los 44ºC, esto propicia que a esta temperatura se desarrollen las bacterias, es resistente a la gran mayoría de las bacterias y es transparente.

Además se introdujo la placa de petri gracias a un estudiante de Coock. El agar fundido se coloca en la placa petri. También se introduce la aguja de platino que puede ser esterilizada con la que se puede transportar de una colonia al medio. U cultivo puro es un clon. Descubren los microorganismos  que producen los procesos geoquímicas. Los quimiolitotroficos crecen sobre un medio inorgánico y utilizan el dióxido de carbono como fuente de energía, son bacterias que pasan el sulfhídrico a sulfato, el nitrito a nitrato…