Microbiología significa el tratado de pequeños organismos, concibiendo pequeño como aquello que nos son percibidos por el ojo humano.

Hasta la invención del microscopio no se pudo desarrollar esta ciencia. Leevenhock invento el microscopio de una sola lente, con el que observaba diferentes objetos. Comunico sus estudios a Londres a una asociación de científicos establecidos allí en el que describió bacterias, espermatozoides, hongos… Este es el nacimiento de la microbiología. Robert Hocke descubrió la célula, con el microscopio compuesto que no igualo al de una sola lente, ya que aparecían aberraciones. Entre 1723 y 1820 no hubo avances, hasta 1920 que se avanzo en el microscopio. Los científicos se preguntaros sobre el origen de estos microorganismos y se plantearon dos teorías; la primera es la de generación espontánea, lo que quiere decir que venían de objetos inertes y la segunda teoría es la que decían que venían de otros seres vivos. La teoría de generación espontánea es la más seguida desde la época de Platón, incluso en el renacimiento que sustituyeron las leyes ocultas por las leyes de movimiento.

Un medico planteo el experimento de que si dejaba carne fuera aparecían gusanos, pero estos no aparecen si esta carne es tapada con una gasa. Con esto demostró que no había generación espontánea, aunque esta teoría no fue descartada. Los que estaban a favor de la generación espontánea se refugiaban en los microorganismos. Para descartar esta teoría, Lázaro Palanzani, calentó la muestra y cerro el bote herméticamente, impidiendo que los microorganismos entraran, diciendo que no se creaba generación espontánea. Un clérigo ingles dijo que al faltar oxigeno, por culpa del cierre hermético, no se puede crear vida. Sulf y Svaln hicieron el experimento pero incluyendo una fuente de oxigeno y no se crearon microorganismos, pero se hizo en una época en la que impera el vitalismo, esta decía que el calor actúa sobre la fuerza vital e impide la vida, por lo que estos experimentos no demostraba nada. Se planteo el experimento pero incluyendo en vez de calor un filtro de algodón y salía excepto con las infusiones de heno. Pucheff propuso un experimento a favor de la generación espontánea. Pasteur dio el golpe definitivo haciendo los experimentos en matraz de cuello de cisne, quedando los microorganismos en el cuello y no pasan a la infusión. Con esto se demostró que no había generación espontánea. Se puso la pega de que con el heno si aparecían. En el heno hay muchos bacilos, esporas de hongos que no son matadas por el calor, si estas esporas se creaban por las bacterias no se matan y aparecen en las infusiones. Con esto aparecen dos tipos de bacterias que son las que son la forma que es resistente al calor y la que no.  La forma resistente al calor es termorresistente.

Los científicos vieron la relación entre el cambio de sustancias en las infusiones. Esto era debido al crecimiento de la población de microorganismos. Definen dos cambios que son la fermentación y la putrefacción. La putrefacción olía mal debido a contener carne la infusión. La fermentación se debía  a la aparición de alcoholes en las infusiones vegetales. El experimento mas destacado fue el que definió que la levadura era la responsable de la fermentación. Un químico, Pasteur se enfrento a sus compañeros, ya que la bioquímica decía que la fermentación y putrefacción son procesos simples sin la presencia de organismos vivos. Pasteur resolvió el problema de la elaboración del vino, ya que los que elaboraban el vino se quejaban de que aparecían olores y descomposición del vino que se estropeaba. Pasteur observo la fermentación alcohólica en la que se producía acido láctico en vez de etanol. Las levaduras de la fermentación alcohólica fueron sustituidas por bacterias que producían acido láctico. Relaciono el crecimiento de un tipo de organismo con el tipo de fermentación que se obtenía.