Una endospora es capaz de permanecer en estado de latencia durante muchos años, incluso miles de años. Pero también se puede dar lugar a una célula vegetativa de un modo relativamente rápido. Este proceso ocurre en tres pasos: activación, germinación  y crecimiento.

 La activación se realiza fácilmente por el calentamiento de las endosporas formadas, durante varios minutos a una temperatura subletal pero elevada. Las endosporas activadas quedan así condicionadas a germinar cuando se colocan en presencia de los nutrientes adecuados.

 La germinación es normalmente un proceso rápido que ocurre en cuestión de minutos y supone la perdida de refringencia de la espora, un aumento en la capacidad de tinción por colorantes, y la perdida de la resistencia al calor y a sustancias químicas. En esta fase se produce la desaparición del dipicolinato calcico y de los componentes del córtex, y se degradan las SASPs.

 La siguiente fase es el crecimiento, se caracterizan por un hinchamiento visible de la célula debido a proteínas y ADN. Finalmente, la célula emerge una vez rota la cubierta de la endospora y se divide. La célula continua luego en crecimiento vegetativo hasta que nuevamente detecta señales ambientales que ponen en marcha la esporulación.