El microcopio de contraste de fases es otro tipo de microcopio que permite ver mejor las células. Cuando el haz pasa por la muestra modifica el índice de refracción y la longitud de onda. Con este microcopio se aumenta la diferencia de fases, con lo que se aumenta el contraste. Esto se consigue que se desfasen ½ las ondas que producen la interferencia y no se ve luz en el punto consiguiendo un mayor grado de contraste. Para conseguir necesitamos que el microcopio tenga el disco opaco colocado por debajo del condensador y la placa de fases esta situada entre el objetivo y el ocular. Con ello se consigue el desfase de las ondas de luz.

El microcopio de fluorescencia es otro microcopio que es la modificación del microscopio de luz ultravioleta. Con ello hemos conseguido aumentar el contraste. El funcionamiento se basa en la fluorescencia de algunos objetos en la naturaleza. La muestra capta la luz ultravioleta y la pasa a luz visible, ya que la absorbe y emite una luz de menor energía que ya si es visible. La lente del condensador debe de ser de cuarzo. Nosotros vemos la fluorescencia de la muestra. No se necesita la cámara fotográfica. Si se añaden además colorantes fluorescentes se vera mejor. A estos colorantes se les denomina fluorocromos. Hay una técnica muy utilizada denominada inmunofluorescencia que es acoplar a un anticuerpo de fluorescencia para reconocer una cepa determinada en una muestra. En la actualidad la microscopia más compleja permite ver las muestras en 3d. Estos son los microscopios de contraste de interferencia diferencial. Es muy parecido al microcopio de fases, ya que tiene el mismo sistema para utilizar la luz polarizada, pero este la proyecta sobre un prisma el cual genera dos haces  que cambian de fase a través de la muestra generando el fenómeno de interferencia. Se pueden observar orgánulos en eucariotas y gránulos en procariotas. El microcopio de sonda de barrido que proporciona una gran nitidez. En este tipo podemos distinguir dos tipos que son: el de fuerza atómica que posee una aguja muy fina que actúa como sonda de la muestra que es rastreada generando fuerzas de repulsión  entre la muestra y la aguja modificando la inclinación que es recogida por un rayo láser y lo envía a un ordenador y se puede crear la imagen. Se asemeja a la microcopia electrónica, pero permite ver muestras naturales, que no han sido tratadas. El otro tipo de microcopio de barrido es el microcopio con focal con luz láser que sale por un orificio muy fino. Tiene una capacidad de campo de 1 μ. Esta acoplado a un ordenador que obtiene cortes ópticos que se integran en una imagen 3d. Esto permite que podamos elegir la orientación de donde queremos que se observe la muestra. Es muy útil para los biofilos que es un depósito de procariotas sobre una superficie.