Cuando la luz incide sobre el fotosistema, la energía captada por el pigmento antena llega al par especial que esta en el centro, al captar la energía luminosa se vuelve muy electronegativo, pasando el potencial de +0´5 a 1 V. Pierde un electrón transfiriéndolo a la bacteriofeofitina tardando 3X10^-12segundos y de aquí a la quinona. El proceso a partir de aquí se ralentiza. La quinona es estable en este proceso. De la quinona los electrones entran en la membrana produciendo un ciclo de las quinonas y se bombean protones al exterior. De la quinona los electrones pasan al citocromo bc1, de aquí al complejo sulfoferrico y de aquí al citocromo c₂ que devuelve los electrones al par especial. Ha habido un cambio cíclico de electrones, es un ciclo cerrado. Se ha creado un potencial de protones que se acopla a la síntesis de ATP. Esta fotosíntesis también se denomina fotosíntesis cíclica. Porque se ha producido un ciclo cerrado y la energía se ha obtenido a partir de la luz. Este proceso se ha estudiado en Rhodobacter capsulatus en el que hay un grupo de genes que forman la agrupación génica fotosintética de 50 kilobases. Se transcribe mediante operones que están coordinados. El oxigeno regula negativamente esta expresión. Mientras hay oxigeno se realiza el metabolismo aeróbico y cuando no hay oxigeno vuelve al proceso de fotosíntesis anixogenica.

Para la biosíntesis se necesita NADH. Tiene que tener donde extraerlo que es mediante el sulfuro de hidrogeno, hidrogeno, hierro dos que ceden los electrones a nivel del    citocromo c₂ con un transporte inverso de electrones que reducen el NAD. El transporte inverso de electrones consume ATP porque se realiza en contra de gradiente. En el caso de otros grupos fotosintéticos anixogenicos como las bacterias verdes y halobacterias  no es necesario el transporte inverso de electrones  para reducir el NAD. En bacterias verdes los electrones van  a la clorofila a, pasan al sulfoferrico y si se necesita NADH van a una ferredoxina  que pasan al NAD y en el caso de que no se necesiten NADH  se pasan los electrones a una quinona y sigue el proceso normal. Lo mismo ocurre en las heliobacterias que en primer lugar va a una protoclorofila. Solo aparece el transporte inverso de electrones en las bacterias rojas.

Los que poseen la fotosíntesis oxigenica tienen las dos fotosíntesis. Cuando la energía luminosa llega al fotosistema I se vuelve muy electronegativo y cede un electrón a la cadena de transporte que se compone del complejo hierro-azufre, ferredoxina, clorofila a y quinona que producen la reducción del NAD a NADH. El hueco que queda el electrón se rellena con electrones procedentes del fotosistema II. Cuando el fotosistema capta la energía luminosa también se vuelve muy electronegativo y cede electrones a la cadena transportadora del fotosistema I. es menos electronegativo que el uno. Se compone de feofetina, quinona citocromo bf y plectocianina que tiene un átomo de cobre que cambia de estado de oxidación. El hueco del electrón en el fotosistema se obtiene del agua y se libera oxigeno en el fotosistema II. La fotolisis del agua produce el oxigeno. Se produce energía gracias al potencial de protones que se ha generado en la fotolisis del agua y lo acoplamos a la síntesis de ATP. Esta fotosíntesis se denomina fotosíntesis no cíclica. Cuando no necesitamos  NADH o NADPH utilizamos el fotosistema I solamente. En este caso el electrón del fotosistema I pasa de la ferredoxina al citocromo bf y de aquí al fotosistema I. la síntesis de ATP se produce en este caso por fosforilación cíclica porque el electrón sigue un circuito cerrado. Un grupo de cianobacterias realizan la capacidad de realizan la oxigenica y mantienen la capacidad de realizar la oxigenica. Utilizan el SH o hidrogeno como donador, estos inhiben la producción del fotosistema II.