Para realizar la fotosíntesis debemos de tener clorofila como en el caso de cianobacterias y proclorofitos o también bacterioclorofila que esta presente en bacterias rojas, bacterias verdes y halobacterias. Estos pigmentos se asocian a la membrana formando los tilacoides en las platas superiores y a la membrana plasmática o membrana intercitoplasmatica en las bacterias. Estas clorofilas tienen la misma estructura: una porfirina que se sustituye el átomo de hierro por un magnesio. Los distintos tipos se distinguen gracias a los radicales. En todos los casos hay una cadena larga que se asocia a los lípidos que se encuentran asociados a los lípidos y proteínas de la membrana.

La clorofila a es la mas abundante en vegetales tiene dos máximos de absorción que están alrededor de 400 y 700. La bacterioclorofila presenta dos puntos de absorción que son más extremos que son por debajo de 400 y entre 800 y 1100nm. Utiliza energía luminosa de cualquier tipo utilizando todas las longitudes de onda. En todos los fotosistemas hay pigmentos accesorios que son los carotenos que absorben a una longitud de onda de 500nm. Con esta energía las pasan a las clorofilas. Tienen una función de fotoprotector, la luz causa fotooxidacion generando especies reactivas de oxigeno que son toxicas y los carotenos los neutralizan. Las cianobacterias ya algas rojas tienen ficobiliproteinas que absorben a 600nm. Se conocen tres tipos de pigmentos fotosintéticos que son: ficocianina, ficoeritrina y haloficocianina. Los pigmentos se hayan formando fotosistemas que están unidos a una proteína. El tamaño esta entre 200 y 300 moléculas. No todas las clorofilas intervienen en la fotosíntesis. La mayoría son pigmentos antena. Cuando captan un foton transmiten la energía a la molécula adyacente hasta que llegan a las clorofilas especiales que forman parte del centro de reacción fotoquímico. Es donde verdaderamente se produce la fotosíntesis. En cuanto se asocia a proteínas hace que la energía luminosa se transforme en energía química. Esto se consigue porque la clorofila pierde un electrón que entra en la cadena de transporte y se libera energía que produce la síntesis de ATP. La energía luminosa pasa de una clorofila a otra hasta que se excitan y pierden un electrón.

En bacterias hay un clorosoma en el que las clorofilas no se unen a proteínas y forman un circuito cerrado de pigmentos que es la situación óptima para captar la energía. Esta fotosíntesis es distinta al resto. Hay dos tipos de fotosíntesis diferentes y por eso hay dos grupos. Las bacterias rojas, bacterias verdes y heliobacterias  tienen un solo fotosistema y al tipo de fotosíntesis se le denomina anixogenica, porque no produce oxigeno.

La fotosíntesis anixogenica posee un solo fotosistema que se compone de cuatro complejos proteicos que son: complejo colector I (antena), complejo colector II (antena), centro de reacción fotoquímico y complejo citocromo bc1. El centro de reacción fotoquímico se compone de: tres péptidos que son proteínas integrales de M, un par especial que se compone de dos moléculas de bacterioclorofila a, dos moléculas de bacterioclorofila a, dos moléculas de bacteriofeofitina que no presenta magnesio, dos moléculas de quinonas y dos moléculas de carotenoides.