La oxidación de compuestos de nitrógeno lo realizan las bacterias nitrficantes. En el proceso se genera nitrato que se utiliza como fuente de nitrógeno. La presencia de este organismo es beneficiosa en el suelo. El proceso parte del amoniaco  o nitrito y llega a nitrato.  De amoniaco a nitrato se desprenden 8 electrones, no hay ningún grupo de bacterias que realicen el proceso completo. Un grupo reduce de amoniaco a nitrito y otro grupo reduce el nitrito a nitrato. Los quimiolitotrofos no compiten con ellos. El grupo que pasa de amoniaco a nitrito son las bacterias nitrosoficantes que realizan esta vía debido a dos enzimas que son la amoniomonoxigenasa e hidroxilamina oxidorreductasa. El proceso que realiza se reduce el amoniaco a hidroxilamina y de qui difunde por la membrana  y se transforma en nitrito por la hidroxilamina oxidorreductasa. Se liberan 4 electrones que van al citocromo c y solo 2 electrones avanzan en la cadena y los otros dos regresan a través de la quinona hacia la amoniomonoxigenasa que los utiliza para la primera reacción. El citocromo a se acopla a la formación de agua y esto a la síntesis de ATP. La fijación de dióxido de carbono se realiza mediante el ciclo de Calvin.  Estas bacterias son las bacterias oxidadoras del amoniaco.
Las bacterias oxidadoras del nitrito son quimiolitotrofos facultativos. El nitrito es muy pobre y se suele utilizar otros compuestos. Tienen la enzima nitritooxidorreductasa que es exclusiva. La enzima cataliza el paso de nitrito a nitrato. La cadena es corta. Los electrones pasan del citocromo c hasta el citocromo a que se acopla a la síntesis de agua. Hay bombeo de protones hacia el exterior. Producimos menos ATP. Hay un transporte inverso de electrones para reducir el NAD. El dióxido de carbono se fija mediante el ciclo de Calvin.

La fototrofia  es un mecanismo por el cual se obtienen energía química a partir de energía luminosa. Las vias de obtención de energía y las vias de biosíntesis son independientes. El paso de energía luminosa a energía química se produce mediante la fotosíntesis. Necesitamos NADH, además de dióxido de carbono y ATP. También podemos necesitar NADPH. Hay otras bacterias que la fuente del carbono lo obtienen a partir de compuestos orgánicos, solo necesitamos el ATP y no el NADH. Los fototrofos se dividen en fotoautotrofos en el que la fuente de carbono es el dióxido de carbono y los fotoheterotrofos que tienen como fuente de carbono los compuestos orgánicos.
La luz es una luz electromagnética que se transmiten de mayor a menores fotones. La energía de estos fotones es inversamente proporcional a la longitud de onda. Las radiaciones que producen la reacción biológica son las que están entre los 200 y los 1200nm. Los pigmentos pueden aprovechar toda la banda.