La fermentación cambia el piruvico por un acido láctico o alcohólico que no genera mas ATP y solo obtenemos la regeneración del NAD. Los tipos de fermentación que tenemos son variables. La fermentación es utilizada debida a que el oxigeno difunde muy mal. En descomposición hay zonas de anaerobismo. Si no hay aceptor de electrones, tienen selección los organismos fermentativos. La fermentación los hacen los anaeróbicos y los aeróbicos. Se clasifican según la fermentación del sustrato o por los productos de desecho. Los fermentadores que utilizan piruvato dan diferentes productos. En base a esto obtenemos una clasificación. Con la fermentación se regenera el NAD. Los distintos tipos de piruvato son la fermentación láctica y la fermentación alcohólica.

El piruvato pasa a acetaldehído  que se reduce a etanol. Acoplada a la reducción se produce la oxidación del NAD. La fermentación acido mixta es el otro tipo. El piruvato sigue diferentes vías, la láctica produce lactato, siendo el aceptor el dióxido de carbono reduciendo la molécula de NADH. Puede reaccionar con el CoA produciendo formato que puede descomponerse en dióxido e carbono e hidrogeno o también acetil CoA que puede ser reducido a etanol con consumo de cuatro hidrógenos. también puede dar acetato que forma un ATP por fosforilación a nivel de sustrato.

La fermentación butanodiocica la llevan a cabo las enterobacterias distintas a las anteriores. El piruvato sigue distinta vía que puede reaccionar con la CoA dando formiato o acetil CoA. A partir del acetil CoA obtenemos etanol o acetato. En el caso de acetato se produce ATP. El piruvato puede reaccionar con el acetil CoA produciendo el dióxido de carbono, que produce más gas que en la fermentación anterior. El producto formado es acetoina que pasa a 2,3-butanodiol.

La fermentación propionica solo la producen las bacterias Propionibacterium. Se descubrieron en el queso azul denominado queso Emmental. Es similar a la fermentación láctica. Pasan de lactato a propianato. Utilizan el producto de desecho de la fermentación láctica. El piruvato pasa a lactato o acetato produciendo la reducción del NAD y un ATP. El NAD se regenera mediante el paso de lactato a propionato mediante una vía que pasa el piruvato a oxalacetato, de aquí a succinato y finalmente a propianato. De tres moléculas de lactato producimos un dióxido de carbono, ATP, dos propionatos y un acetato.

La fermentación butílica la llevan a cabo los anaeróbicos estrictos del genero clostridium. A partir de piruvato reacciona con el CoA y produce acetil CoA. Se condensan dos produciendo acetoacetil CoA. Dependiendo de la especie el intermediario sufre oxidación y reducción obteniendo como productos, acetona butanona… En los primeros estadios se producen butirato que es la reacción más favorable, ya que produce un ATP extra. A medida que se acumula el butirato el acido produce una disminución del crecimiento que se contrarresta con acetona y compuestos neutros. Algunos utilizan aminoácidos para la fermentación que es la reacción que produce la oxidación de aminoácidos que producen energía. Es muy importante en el proceso de elongación de proteínas. Las bases nitrogenadas, alcoholes y ácidos orgánicos se pueden utilizar. En los ácidos orgánicos se produce mediante descarboxilacion que da menor energía que la necesaria para la síntesis de ATP. El succionato produce dióxido de carbono más propionato. Con esta energía producimos la energía para activar una bomba de protones que produce un gradiente de protones que genera el ATP.